Sala Baptisteriu este un spațiu circular cu o morfologie aparte, centrat pe bazinul pentru botezul adulților care dă și numele sălii. Spațiul este boltit, bolta centrală sprijinindu-se pe opt coloane, iar pe lateral sunt amenajate 14 nișe deschise, în care se face expunerea.

Acestă sală este un spațiu liturgic, amenajat cu scopul folosirii pentru administrarea Tainei Sfântului Botez, pentru adulți, dar și spațiu expozițional, în care se abordează două teme importante: slujitorii bisericii, ce fac parte din laicat și slujitorii altarului, ce formează sacerdoțiul.

Tema sacerdoțiului, a clerului inferior  și a celui superior, a fost reprezentată până în anul 2023 în nișele laterale, prin intermediul veșmintelor liturgice și însemnelor specifice fiecărei trepte și slujiri. După această dată, în această sală au început să se realizeze expoziții temporare pe diverse teme.

Ca o trăsătura generală, acest spațiu conferă o ambianță deosebită prin îmbinarea tematicii arhitecturale inspirată din stilul bizantin și a picturii murale, realizată de pictorul Grigore Popescu.

Sala Baptisteriu este situată, ca localizare în planul Ansamblului Mitropolitan, sub monumentul istoric cunoscut sub numele de „Fântâna lui Mihail de Hodocin” comunicând cu spațiul exterior prin luminatorul amplasat în centrul bolții.